Фонд Музея Новосибирска содержит документы и экспонаты, обширную видеотеку, значительное библиотечное собрание. Основой для формирования фонда стало творчество основоположника российской и мировой космонавтики Юрия Кондратюка. Партнерами Музея Новосибирска являются организации в сфере образования и культуры, жители города, предоставляющие на выставки или передающие в дар уникальные документы, фотографии, предметы.